湘军逐渐从守势改为攻势，开始进行反扑。曾国荃、李鸿章、左宗棠在和太平军的战斗中迅速崛起，成为一个个拥有重兵的地方督抚。
随着太平军的覆灭，湘军的势力却愈来愈大，曾国藩成了朝廷新的威胁。面对弹劾、猜忌，曾国藩该如何应对？
李续宾、曾国华在三河镇战死后，曾国藩最小的弟弟曾国葆参加湘军，要为他的兄长报仇。而同时曾国藩的学生李鸿章以一个不起眼的幕僚身份也进入湘军。
胡林翼和曾国藩商讨军情，曾国藩以为自从天京事变自后，太平军的气焰就已经衰弱了，基本都处于守势，只有陈玉成一个人，勾结淮河一带的捻军不停地骚扰安徽等地。
在这种情况下，可以把天京作为目标了，一旦天京攻下来，其他各地的太平军很快就会被扫除。而想攻天京，必须拿下滁州和和州（今安徽和县）这两个地方，这两个地方和天京就隔着一条长江，是天京的屏障。但是拿下这两个地方的前提是先拿下安庆。
安庆既是陈玉成的老巢，又是长江上最后一道关卡，攻下安庆，湘军的水师便可以顺江而下，直取天京。于是曾国藩根据这个思路，定了一个四路进攻的计划：曾国藩任第一路，由宿松、石牌以窥安庆；多隆阿、鲍超任第二路，由太湖、潜山以取桐城；胡林翼任第三路，由英山、霍山取舒城；调回李续宜任第四路，由商、固谋取庐州。
咸丰十年，这是一个不普通的一年，李续宾的六千湘军精锐在三河镇阵亡之后，陈玉成再次夺回安徽各地，曾国藩不得不四路大军东进，重新和陈玉成抢夺安徽。
曾国藩的四路大军还没开始进攻安徽，江浙一带又出事了。咸丰六年的时候，清朝的钦差大臣琦善和向荣就在天京分别建立江南江北大营，后来被石达开、秦日纲等人攻破。咸丰八年的时候，清朝的钦差大臣和春再次营建江南大营，围困天京，号称有绿营兵二十万。不过绿营兵腐化不堪，虽然营建了大营，但是营中的士兵天天吃喝玩乐，抽大烟嫖娼妓，全不像军队的样子。绿营兵正在寻欢作乐的时候，不知道他们的死期已经到了。
太平军自从天京事变后，石达开出走，兵力衰弱，在和湘军的对战中一直处于下风。太平军中陈玉成、李秀成等一批年轻的将领开始走向前台。陈玉成和李秀成都是太平军中出色的将领，一直纵横于安徽各地，频频击败清军，甚至攻下安徽临时省府庐州。李续宾救应庐州不成，五千精锐反被陈玉成和李秀成的太平军全部围歼。
因为战功卓著，天王洪秀全封李秀成为忠王、陈玉成为英王，命令两人率军解救天京之围，攻打清军的江南大营。李秀成没有直接去天京解救，他反而率军去攻打杭州。这正是他的围魏救赵之计，江南大营有二十万清军，虽然绿营兵腐化，但是顷刻之间也不能拿下，所以他准备先攻杭州，让清军援救杭州，然后他再回救天京。
杭州是清朝东南一带最为繁华的城市之一，太平军攻占天京后，杭州一直没有遭到攻击，城内守军懈怠不做准备。李秀成突然率大军来攻杭州，城内守军一片慌乱，有说打的有说守的，议论不断却拿不定主意。杭州城不久就被李秀成攻破，浙江巡抚罗遵殿带着妻女一起自杀。
和春知道杭州丢失，急忙派上万清军前往救援，却不料李秀成已经从杭州撤退，马不停蹄地赶回天京，和陈玉成合兵攻打江南大营，天京城内的太平军也出来攻打。江南大营的清军抵挡不住，数万人溃败，清将张国梁战死，和春逃往常州。太平军继续东进攻打常州，常州的守将是两江总督何桂清，听说太平军打来，想要弃城逃走，常州士绅拦住城门不让他逃走，他杀了十九人这才逃出。太平军顺利攻下常州，又攻破苏州，和春自杀殉国，江苏巡抚徐有壬战死。事后朝廷追查责任，将何桂清革职。
浙江巡抚战死，江苏巡抚战死，两江总督被革职，东南的高官都没了，胡林翼请求调曾国藩主持江南军务。咸丰十年四月，咸丰帝让曾国藩代理两江总督，兵部郎中左宗棠协助曾国藩处理军务，不久正式任命曾国藩为两江总督。咸丰帝刚封完曾国藩，又要面对巨大的灾难。七月份，英法联军攻破大沽炮台，提督乐山战死，僧格林沁抵挡不住英法联军，天津也失守了。八月份，英法联军攻到北京，咸丰帝逃亡热河的承德避暑山庄。英法联军攻入圆明园，大肆抢劫一番，数不尽的金银珠宝都被抢走，带不走的，英法联军就砸掉，然后焚烧圆明园，大火三日不灭。
咸丰十年是清朝内忧外患最严重的一年，在南方，苏杭等富裕的地区都被太平军占领，而在北方，外敌入侵，皇帝出逃。曾国藩闻讯，悲愤异常，身为封疆大吏，却让国家遭受如此奇耻大辱。曾国藩上书请求带兵北上，恰好这时候英法联军要求议和，咸丰帝派恭亲王奕和英法联军和谈，情况转缓，曾国藩才继续留在南方，对付太平军。
太平军攻克清军的江南大营后，又连续攻下江浙一带的很多城市，洪秀全开始考虑西边的战事了。太平军在西边的形势并不好，随着湘军的再度雄起，太平军节节败退，长江上的重镇九江已被湘军攻破，而且湘军其他几路大军纷纷挺进安徽，曾国荃也开始围攻安庆。
九江丢失后，安庆已经是天京唯一的江上屏障了，能否守住安庆，事关天京的安危。安庆如果守不住，湘军的水师就会顺江而下，直接冲到天京的城下。为了改变西边恶劣的状况，洪秀全一方面派叶芸来、张朝爵率领重兵防守安庆，另一方面调李秀成、陈玉成的大军五路西进湖北，想迫使湘军回救，解除安庆之围。这五路大军分别是：第一路英王陈玉成从长江北岸，经安徽北部攻湖北；第二路忠王李秀成从长江南岸，经安徽南部攻湖北；第三路辅王杨辅清从长江北岸攻湖北；第四路侍王李世贤（李世贤是忠王李秀成的堂弟，在攻清军江南大营时立下战功，所以被封为侍王）从安徽南部攻湖北；第五路襄王李官芳攻安徽祁门。
这五路大军里边，陈玉成和李秀成分别是江北江南的主力，杨辅清配合陈玉成进攻，李世贤配合李秀成进攻。李秀成其实不愿意西征的，他的观点是先保住刚打下来的江浙一带再说，但是天王洪秀全执意要西征，他也无奈只得前往。五路大军里边，之所以让李官芳单独率领一支大军攻击祁门，那是因为祁门有湘军的主将曾国藩。
本来两江总督的总督署是在南京的，但是那边已经是太平军的首都了，新任两江总督的曾国藩只能流浪在外，人走到哪儿，哪儿就是总督署，为了进攻安徽，曾国藩把大营扎到了安徽南部的祁门，事实证明祁门不是个好地方。
太平军五路大军齐进，一步步向前推进。咸丰十年冬，太平军的将领黄文金攻下景德镇，李世贤攻下婺源。婺源在祁门的东南，景德镇在祁门的西南，曾国藩两面受敌，陷入太平军的包围，但这还不是最坏的，太平军已经在谋划攻击曾国藩的大营了。李官芳从北面攻击，李世贤从东边攻击，黄文金从西边攻击，三路大军合击曾国藩的大营。
在三路太平军的合攻下，曾国藩大营的军士立马溃散。经过前边几次战败的洗礼，曾国藩的抗打击能力明显已经有了很大的提升，明知死期将至，他却没有像前几次一样选择自杀。曾国藩写好了遗嘱，坐在营中指挥士兵继续抵御。
祁门被攻的消息传到湘军其他各路营中后，湘军的将领们加快进攻太平军的速度，希望赶快救应他们的主将曾国藩。虽然曾国藩统兵能力不咋样，不过其他各路湘军的队伍却纷纷告捷。先是左宗棠率领五千人攻破德兴、婺源，解除了曾国藩东边的威胁。这五千人是左宗棠协助曾国藩处理军务的时候在湖南召集的，号称楚军。多隆阿也攻破桐城。李续宾的弟弟李续宜率领一万多人在安庆和桐城之间阻击太平军。湘军将领鲍超听说曾国藩受困，率领自己的“霆”字营日行一百多里，赶赴到祁门攻击围困曾国藩的太平军，连战连胜，救出曾国藩。胡林翼也派兵助战，曾国藩终于化险为夷。
