实际上，“分子”一词来自日文借词，原是西文化学名词Molecule的意译，刘正埮等编《汉语外来词词典》即指出，化学名词“分子”是从日译借来的，该词典没有指出的是，后来此词又转喻为指人，这一用法仍是始于日人。在普通日文词典中，“分子”（ぶん-し）一般都列有化学名词、数学名词及指代人的三个义项。如《广辞林》（1934）说：“①物質を細分するとき、其本性を失はずして達し得べき極限の微粒，一般に数個の原子の集まりて成るものと考へらる。②轉して、一團體を形成する各個人。”即明白指出化学名词“分子”与指称人的“分子”之间的转义关系。“分子”为物质中独立存在且能保持该物质一切特性的最小微粒，由此引申为人类群体的各个成员。在19世纪后期的日文文献中，这一词义已屡见于各家著述，如明治时期德富苏峰的《将来之日本》（1886），其中就有这样的句子：“如何ナル時代ニ於テモ現在ナルモノハ必ズ過去ノ分子ト未来ノ分子ト相衝突シ。”德富苏峰：《将来之日本》，《现代日本文学大系·德富苏峰集》，日本筑摩书房，1972年，页212。此处的“分子”便是指那些属于旧日本与新日本的人。
1898年百日维新失败以后，梁启超流亡日本，接触了大量日文书籍，并在《清议报》及《新民丛报》上发表大量文章，采用了不少新词语，《自由书·无名之英雄》（1899）即摘译自德富苏峰的同名文章，中云：“有无名之路得无量数焉。彼英雄者，恰如金刚石，看来虽仅一块，分析之则实由多数之同质同角度分子的阿屯体而成者也。”便是以化学名词的“分子”来喻人。此外，他在《夏威夷游记》1899年12月29日条中也写道：“读德富苏峰所著《将来之日本》及《国民丛谈》数种。德富氏为日本三大新闻主笔之一，其文雄放隽快，善以欧西文思入日本文，实为文界别开一生面者。”对于当时极力鼓吹学习日文，“颇喜挦扯新名词以自表异”的梁氏来说，当读到德富苏峰等人所用的“分子”一词时，不可能不注意及此，并用这个词来指称具有群体性的人，以宣扬新的国民观念。因此，无论梁启超是不是最先使用“分子”一词，我们都可以把他的著述看作是在中文中开始使用此词的标志。
自梁启超之后，此词也开始出现于其他作者的笔端，如邹容《革命军》（1903）：“吾亦国人之分子，故国事为己事，吾应得参与焉”；《女子世界》杂志发刊词（1903）：“我亦国民一分子，不教胡马越雷池”；杨笃生《新湖南》第三篇（1903）：“人人知其身为国家之一分子”；云窝《教育通论》（1903）：“务使一国中无一分子之欠缺，而有碍全体之进步”；攻法子《敬告我乡人》（1903）：“参政权者，所以表国民为国家之分子”；汪兆铭《再驳“新民丛报”之政治革命论》（1906）：“盖国民者，国家之分子，而政府者，国家之机关，未有分子不良，而机关能独良者也”；真《进化与革命》（1907）：“诸君即中国人类之一分子，中国人类，即其全体”；鲁迅《文化偏至论》（1908）：“且社会民主之倾向，势亦大张，凡个人者，即社会之一分子”；李石增《无政府说》之五（1908）：“吾为人类之一分子，一分子之生灭，于全体无足轻重也”；李庆芳《中国国会议》（1908）：“既曰国家构成分子，则其指国民也可知”。以上引文均见《辛亥革命前十年间时论选集》一、二、三卷，三联书店，1977、1978年。在当时的知识界，“分子”无疑已成为一个时尚的新名词。
从以上引文看，“分子”最初常用来指组成国家、社会和世界的各个人，多采用“一分子”的句式。这种语言现象与当时的政治语境有关。梁启超于20世纪初建立“新民”说，提倡“群治”，向国人宣扬西方国民国家的观念，从而使一盘散沙的中国人对群体与个体的关系有了现代意识。蔡元培在《世界观与人生观》（1912）中说：“凡分子必具有全体之本性；而既为分子，则因其所值之时地而发生种种特性；排去各分子之特性，而得一通性，则即全体之本性矣。”《蔡元培全集》第二卷，中华书局，1984年。正是对“分子”一词的确解。按照当时国人的观点，每个人首先不是作为个体而存在，而是作为群体的一部分而存在，由此而意识到个人的权利与责任。正是有了这种近代的国民意识，然后才有了“分子”向话语的转换。所以说，“分子”是国民意识的产物，它强调的是集体化的人格，或人格的集体化。按照福柯的观点，各种话语和学科都是产生于某个时代的“知识型”（episteme）。19世纪末，在西方影响下，国人开始持有一种关于秩序（空间）和总体性的普遍观念。因此，这一时期“分子”话语的产生与进化论的传播、《马氏文通》的出版，在思想史上具有同等意义，即都是致力于把个体从孤立的状态中解放出来，使之归于一个自然形成的整体，以此来理解和阐释个体的存在。它是国人前此几十年睁开眼睛看世界的结果。
此后为了与化学名词的“分子”相区别，自上个世纪二三十年代，人们有时又写成“份子”，即加上一个表示人的类别的形旁。如鲁迅《上海文艺之一瞥》（1931）：“在新份子里，是很有极坚实正确的人存在的。”今天“分子”读作去声，应与这种书写形式有关。
随着时代的发展，“分子”的含义也发生了变化，开始用来指具有某种特征的人。例如梁启超1910年在《国风报·叙例》中写道：“凡能为不利于国民者，则必一国中强有力之分子也。”其中的“分子”即是指一类人中的各个人，而不再指涉全体国民。后来章士钊《政本》（1914）：“其中有所谓暴烈分子者，全然不负责任”章士钊：《政本》，《章士钊全集》第三卷，文汇出版社，2000年。，陈独秀《敬告青年》（1915）：“社会遵新陈代谢之道则隆盛，陈腐朽败之分子充塞社会则社会亡”《独秀文存》卷一，安徽人民出版社，1987年。，李大钊《暴力与政治》（1917）：“善良政治之官吏，恒仍保其地位以为政治体中自觉之分子”《李大钊文集》（上），人民出版社，1984年。，都属于此类用法。1921年后，“分子”的词义又有了新的发展，既继续用来指涉具有某种特征的人，也开始用来指涉某一阶级、集团的成员。例如，《中国共产党对于目前实际问题之计划》（1922）：“要向国民党中工人分子宣传促进他们阶级的觉醒”《中共中央文件选集》第一册，中共中央党校出版社，1989年。，《中国国民党宣布北伐目的》（1924）：“间有号称为革命分子，而其根本思想初非根据于国家及民众之利益者”《广州民国日报》1924年9月19日。。这里的“分子”已不再指国民或社会的一个成员，而是指集团的一个成员，它往往与其他词搭配，成为阶级斗争的一种政治话语。
考察其产生的语境，乃是由于民国建立以后，尤其是五四新文化时期及中共成立之后，国内政党斗争和阶级斗争趋于激烈的缘故。1916年9月，陈独秀在答汪叔潜的书信中写道：“鄙见国民运动与政党运动，广狭迥异，确有不同之点……近世国家，无不建筑于多数国民总意之上，各党策略，非其比也……过此以往，始有政见之殊，阶级之别，各树其党。”《独秀文存》卷三。就曾指出国民国家成立之后，国民运动弱化而政党运动增强的事实。可以说，分（fēn）子变人，始于国民意识的产生；人变分（fèn）子，则始于阶级意识的兴起。就此而言，这种词与物的重新配置标志出思想史的又一个断层。也就是说，“分子”含义的改变乃是一种知识型转换的结果，即当时人们看待事物的思想原则，已由秩序（空间）观念转向历史（时间）观念，由总体性转向功能性。个人不再被看成纯属自然构成的群体，而是属于社会构成的群体。它们之间既有连续又有断裂，但主要还是断裂。思想史上最明显的例子就是，五四以后许多激进的知识界人开始从信奉进化论转为信奉阶级论。福柯曾将西方从古典时代到现代在知识型上的变迁，概括为从秩序原则到历史原则。由于外部世界的现代影响，西方两百年来的知识型转变，在中国二十年左右就完成了。
在这方面，作为一个从事阶级斗争的政党代表，毛泽东的著述最具话语的范式意义。在他的全部文章中，“分子”是使用频率最高的词之一，这说明终其一生，毛泽东都很重视从政治上划分人群。最初，“分子”本身只是一个中性词，在当时人的著述中，“分子”既可搭配贬义词，也可搭配褒义词，如不良分子、革命分子、温和分子等。毛泽东的早期文章中也有许多这样的对子，如：左派分子/右派分子；革命分子／反革命分子；共产党分子/反共分子；积极分子/消极分子；干部分子/一般分子；知识分子/劳动分子；抗日分子/亲日分子等。可以看出，“分子”往往可以组合成对立范畴的词，在互为反义词的使用度上呈现出对称性。也就是说，“分子”作为组合成分，其初期并不完全用于贬义。
“分子”主要用于贬义（当然，这种贬义决定于当下的政治语境），实际上始自30年代后期毛泽东在党内取得领导地位，从而获得了绝对的话语权之后。按照凡例，《毛泽东文集》中的文章分为三个时期，若将其中与“分子”搭配的词作一个统计（重复使用的词只统计一次），可列举如下：
第一时期自1921年1月至1937年6月，其中用于褒义的词有：革命，民主派，左派，工农，共产党，干部，劳动，积极，进步，优秀，抗日，有良心，爱国，先进，左倾，精干，中坚；用于贬义的词有：反动，托洛茨基，新寻派，坏，消极，反革命，怠工，法西斯，国民党，祸国，叛逆，汉奸，无志节，居心不正，亲日，顽固，卖国；中性词有：知识，一般，重要。
第二时期自1937年8月至1949年9月，其中用于褒义的词有：先锋，领导，同情，团结，民主，觉悟，左翼，反蒋，主和，开明；用于贬义的词有：狂妄，腐化，投机，自首，动摇，反共，右派，退步，无希望，破坏，叛徒，死硬，布哈林，落后，懒惰，嫌疑，特务，敌对，孤立，托派，资产阶级，好战，帝国主义，极坏，右翼，恶霸，富农，剥削，罪大恶极，首恶，犯罪；中性词有：中层，中间，游民，平常，中产阶级。
第三时期自1949年10月至1975年7月，其中用于褒义的词无；用于贬义的词有：间谍，死罪，残余，贪污，可疑，官僚主义，违法乱纪，异己，叛乱，地主，阴谋，叛变，希特勒，犯法，极右，压迫，叛国，冒险，机会主义，犯错误，蜕化变质，修正主义；中性词有：激烈，骨干，核心。
显然，1937年以前，与“分子”搭配的褒义词和贬义词在数量上是对称的，各占一半。1937年以后，贬义词开始趋多，褒义词却较第一时期减少。1949年以后，贬义词继续增加，而褒义词则几乎没有。以毛泽东在中国现代史上的地位和作用，这些话语构成是颇具代表性的。他在建国前就已使用的许多政治称谓，此后都进入了中国人的日常生活。这表明，自30年代后长期的阶级斗争语境中，“分子”一词越来越被斗争一方用于指称贬义的事物，这体现了权力为了重新配置福柯所说的“事物的秩序”，在话语转换上所采取的策略。在此意义上，我们可以把1937年视作是现代思想史上又一个断裂的标志，其断层一直延伸到“文革”以后。严格地说，相对于五四新文化时期以历史原则为中心的知识型，这一断层在思想史上只能说是“亚知识型”，它完全从历史的阶级斗争的观念出发去看待一切事物，与前者既有断裂性更有一致性，因此“分子”一词也只是发生语义色彩的变化，而非基本含义的改变。可见就思想史而言，发生真正知识型断裂的仍是五四新文化时期，而不是毛泽东时代。
值得一提的是，如果说建国前“分子”还只是一种政治称谓，那么建国后的历次运动中，“分子”则开始被用来标明一个人的政治身份，如贪污分子、反革命分子、右派分子、四不清分子、地主分子、富农分子、三反分子、修正主义分子、特务分子、阶级异己分子、叛国分子、分裂分子、投机倒把分子等。而相反地，在当代的政治生活中，却绝没有诸如廉洁分子、革命分子、左派分子、贫农分子、马列主义分子、爱国分子、团结分子等身份称谓。因而尽管当代各种词典并没有指出“分子”是贬义词，且所举例子大都有“积极分子”一条，但这种语词搭配上的不对称性，却给人们以“分子”本身具有贬义的强烈印象。
20世纪30年代初，布拉格学派在音位学中首创标记概念（markedness），这一理论认为，许多语言现象的分布具有不对称性，其中一些语言现象被认为是基本的、普遍的，而另外一些现象则被认为是次要的、少见的。标记概念表现的就是这种对立的不对称关系，在对立的两项中，一项具有区别性特征，是有标记的，而另一项没有这种特征，是无标记的。语词搭配上的不对称性，也使得“分子”获得一种类似语义标记的作用。因此，我们可以借用标记理论，在互为反义的语词中，将带“分子”的词称作有标记项，不带“分子”的词称作无标记项，并加以比较，从而对“分子”一词的使用规律进行归纳。
比如，在上面所举的当代词例中，“右派”是有标记项，“左派”是无标记项；“反革命”是有标记项，“革命”是无标记项；“贪污”是有标记项，“廉洁”是无标记项；等等。推论起来，凡属正面的、肯定的、积极的、强势的、普遍的和多数的都是无标记的，而反面的、否定的、消极的、弱势的、特别的和少数的则是有标记的。从语词功能的共时分析也可以看出，“分子”基本上是倾向于贬义的，它实际上受制于社会的知识范式，通过标记配置表现出社会对不同事物的态度。
如前所述，“分子”作为标记，经历了一个既有联系更有断裂的范式变迁。如在毛泽东的著述中，有些词以前是有标记的，如干部分子、领导分子“领导分子”一词建国后就不再使用，只有毛泽东《西藏平叛后的有关方针政策》（1959）尚用过一次。、共产党分子、左派分子、团结分子、爱国分子、革命分子、民主分子、工农分子等。美国语言学家LindaRWaugh曾指出，有标记范畴和无标记范畴是一个集合关系，前者可以形象地被看作是物体（object），后者则可被看作是其背景（figure）。如前所述，早期“分子”一词并不完全用于贬义，当毛泽东称某某分子时，他是在一种社会政治的形势下认知事物。也就是说，相对于当时的社会大背景，这些语词代表的都是特别的、少数的事物。至于后来这些语词成为无标记的范畴，不再称“分子”，改称领导人、共产党员、爱国者、革命者、民主人士、工农群众等，则是由于像共产党、爱国、革命、民主等词所代表的范畴，在新的语境中也已经成为强势、普遍和多数的。换言之，这些昔日的“分子”已经成为“背景”。社会诞生出一种革命的知识型，而“分子”不再配置某些褒义词语，也是因为它们不复能跨越不同的知识型而存在。正是这种对不同事物的话语区分，影响到“分子”的语义色彩，原本指称集体化人格，已有忽视个人人格倾向的“分子”一词，最终衍变出去人格化的贬义意味。
