陈公博建议何应钦有三个办法可取：一是将西安事变的真相公布于世，二是立即明令讨伐，免得张学良拿蒋介石向中央要挟，三是在上述条件实施后，再致电西安要求释放蒋介石。如果仅从惩治张学良的角度说，此三法中规中矩，也未尝不可。但它却忽视了一个最为重要的问题：营救蒋介石。而蒋介石的性命之忧，既不是中国之福，也不是老百姓之福，更违了张学良发动事变的初衷。
李烈钧的态度是抓住事件本质的。他认为，当务之急是以保蒋安全为要，不赞成武力解决。
何应钦有自己的考虑，他认为如果讨伐把蒋救了出来，那他是“第一功臣”；如果因讨伐使蒋死在西安古城，他又是“继蒋第一人”。总之，“讨伐西安”是桩好买卖，只赚不赔。因而，他力主讨伐张、杨，理由是非此不能以维护党纪国法。
冯玉祥与李烈钧一样，反对讨伐。他说道：轰炸可能伤害西安城内的无辜居民，况且蒋介石可能受到伤害。从个人角度讲，冯与蒋向来不和，能够扳倒蒋是他平生夙愿。但他看到了更深一层的问题：何应钦的亲13派如此积极地鼓动讨伐，难道就没想到可能会加害于蒋吗？！讨伐，名义上是救蒋，实际上是欲置蒋于死地，或借张、杨之手杀蒋，或在轰炸西安时把蒋炸死，他何应钦好取而代之。
冯玉祥正是看清了此举所包藏的祸心，并由此可能引发更大的动乱和内争的前景。所以，他不仅不支持讨伐，反而持坚决的反对态度。冯玉祥的坚持，使得何应钦立刻轰炸西安的计划未能通过。最后形成的折中意见是：决定派出飞机轰炸西安附近地区，而不是轰炸西安城。这就为宋氏兄妹后来的和平营救行动争得了宝贵的时间。
冯玉祥在当天的日记中，记录有这次讨论的情况。他写道：李烈钧、陈璧君、陈公博和冯玉祥主张保蒋“安全”；而朱培德、何应钦、叶楚伧、戴季陶则“主打”（5）何应钦也看清了他的讨伐计划不可能一帆风顺，宋氏兄妹及孔祥熙返京后更不会顺着他的路子走的。为争取主动，在戴季陶和居正等人的支持下，未经国民党中央正式研究议决，何应钦就把讨伐西安的司令部与部队组织起来了。并撇开冯玉祥和军事委员会其他常委，先在他家设下临时办公处，以林蔚为参谋长，徐培根为参谋处长，钱贻士管后勤。随后，又内定黄绍竑任讨伐军总司令部的参谋长，为他拉拢华北和桂系等地方实力派。
12日午夜11时半，国民党中央常务委员会和政治委员会召开了紧急联席会议。除了两会成员出席外，南京国民政府的五院院长和各部会负责人也列席会议，与会者共约四五十人，由中央常务委员会的丁惟汾和政治委员会的于右任主持。
此时，距西安事变的发生刚刚十几个小时，传到南京的公开信息，只有张、杨的八项救国主张通电，而西安方面的其他情况，都是茫然无知。鉴于这种情况，一部分与会者主张不要匆忙作出惩罚张、杨的决定；一部分与会者主张立即惩治张、杨，派兵讨伐西安。两种意见争辩到午夜2点也无结论。这时，戴季陶忽然站起来，情绪激动地说：现在委员长吉凶未卜，若是不幸而为凶，则我们还去和叛逆妥洽，岂不是白白地上了他的当，乃至将来无法申大义而讨国贼，若是委员长还是安全的话，则我们用向绑票赎票的方式救出来，则委员长又将何以统帅三军，领导全国？现在我们只有剑及履及的讨逆，才能挽救主帅的生命。他还对与会者说：“我要警告大家，若是今晚我们中央不能决定讨逆的大计，明天全国立刻大乱！政府也垮了！大局无法收拾！我们何面目以对总理！何面目以对蒋先生！”（6）戴季陶所表达的意思，就是弃蒋！用他的话说，就是救出来也不能再当领袖。这是典型的取蒋而代之的论调，而对于蒋介石集团而言是不会同意他的主张的，因而，双方激烈争论，会议一直开到13日凌晨3点才结束。孔祥熙后来撰写的《西安事变回忆录》对两派的分歧和争论做了如下概述：
甲说：谓张、杨此举必有背景，且必有助力。其背景与助力，在内为不尽悦服蒋公之疆吏与将领，如山东之韩复榘，广西之李济深，甚至如河北之宋哲元，四川之刘湘，皆可引为同路；在外为垂竭待尽之共产党徒，甚至如第三国际之苏联，皆可暗中联络。张杨既藉此背景助手，出以劫持统帅，则必以蒋公之生死为政治上之要挟。中央既不能曲从其狂悖，陷国家于沦胥；尤不能过于瞻顾蒋公之安全，置国家纲纪于不顾。昔项羽囚太公，汉高不屈，而太公卒还；清廷囚郑父，成功不屈，而郑公竞死。此中关键，固须审慎，然千秋后世，终必赞果断而贬屈从。故中央对策宜持以坚定。况蒋公安全尚不可知，示张杨以力，蒋公尚在，或可安全；示张杨以弱，蒋公虽在，或竞不能安返。此说，辞旨严正，考试院长戴季陶实主之。
乙说：对于甲说之揣测虽不否认，但不准不信学良之通电将发生若何之效力。且谓蒋公抗日，早具决心，凡在帷幄，均所熟知。张杨此举，如真只以抗日为范围。则在国策上，只有时间上之出入，而非性质上之枘凿，此中已饶有说服余地。况张氏既有保证蒋公安全之电报，自须先探蒋公之虚实，再定万全之决策。如即张挞伐，无论内战蔓延，舆情先背，而坐失国力，益以外患，国将不国，遑论纲纪？（7）上面的“甲说”，代表的是以何应钦为首的部分军事要员的意见。他们确信，西安兵变是在得到外界支持的情况下发生的，这种支持来自于两个方面，一是共产党和第三国际，二是华北和西南的地方军事实力派。而张杨要实现个人的政治主张，必然要以蒋介石为人质，逼使“中央”让步。何应钦和戴季陶由此得出结论：政府决不允许只考虑一个人的安危得失，而损害国家的利益与尊严。换句话说，持此论者认为进行谈判毫无意义，只能延长这场危机，并且可能被各地实力派视为软弱可欺。况且，南京国民政府不能对共产党的政策和意识形态作任何让步，因为采取这样的政策，就会立即遭到日本的反对。
“乙说”，代表的是以冯玉祥为首、得到孙科、于右任和大多数立法院成员支持的主和派的意见。陈立夫和陈果夫领导的“CC”派也逐渐与冯派组成联盟。他们主张与西安的“反叛者”进行合作，和平、善意地解决此事。
但是，蒋介石集团的主要骨干都没有出席会议，在第一个回合的交锋中，讨伐派占了上风。于是，会议作出决定：
一、张学良应先褫夺本兼各职，交军事委员会严办，所部军队归军事委员会直接指挥。
二、张学良背党叛国，送中央监察委员会议处。
三、行政院由副院长孔祥熙负责。
四、军事委员会常务委员会改为5至7人，并加推何应钦、程潜、李烈钧、朱培德、唐生智、陈绍宽为该会常务委员。
五、军事委员会由副委员长及常务委员会负责。
六、关于指挥调动军队归军事委员会常务委员兼军政部长何应钦负责。（8）这六项决定所透出的信息是：一、要把张、杨逼人绝境；二、何应钦掌握了最重要的军权。这也就意味着一旦蒋介石不能安全脱险，何将有可能继承大统。因为，在南京国民政府的历史中，“一把手”始终牢牢掌握着军权。当年蒋介石就是先掌军事，而后全面接班的。蒋的亲信、复兴社“十三太保”之一的刘健群坦率地说：“当年朱培德奉委员长命，主持军委会事务。他的办法是大事请示委员长，小事去问林主任（林蔚系办公厅主任，保有委员长的私章），他本人是中道而行，百事无涉。当然像冯玉祥这个副委员长，更是等于有名无职，自然应该是空空如也，安安如也。他本人也不是不知道。”（9）在军委会委员长不能视事的情况下，按理应有副委员长或办公厅主任接任，在他们之下才是军政部长。在这次会上，戴季陶提出“军事归何应钦管”的动议后，冯玉祥即表示反对，他认为“参谋总长（当时何应钦是参谋总长）是军令机关主官，军事委员会尚有办公厅主任”，但冯的意见不起任何作用。结果何应钦受委任全权负责，计划“讨伐”军事。
此一决定的作出，终使何应钦此前早已内定组成的讨伐班子合法化。此后两三天内，他带着参谋人员昼夜加班，拟订了从东西两面进攻西安的军事计划。
部署如下：
一、东路军，豫皖绥靖主任刘峙坐镇开封，潼关前线由徐庭瑶任总指挥。
甲、正面沿陇海路两侧进攻。部队计有：樊崧甫的79师，董钊的28师，阮肇昌的57师，宋希濂的36师，桂永清的中央军校教导总队，以及炮兵第一、五两团主力，工兵一个团。
乙、右翼由60军军长周奸指挥，部队有周的第6师，陈沛的60师，陈杰安的79师，黄杰的税警总团（后来又加上驻大荔的冯钦哉的42师）。
丙、左翼由李默庵指挥，由商雒向蓝田前进。部队有李默庵的第10师和刘戡的83师。
丁、郑洞国的第2师和李必蕃的23师为东路总预备队，集结潼关附近。
此外，何应钦令分驻于江苏、河南等地的各部队迅速向潼关集结。
二、西路军由胡宗南带头。部队是原驻在甘、宁、陕各地的胡宗南的第1军，曾万钟的第3军，毛炳文的37军，关麟征的25师，李及兰的49师，王耀武的51师等共约11个师。
何应钦令胡宗南、王均等部停止进攻红军，由甘宁边南下，向天水、宝鸡前进；驻宁夏的关麟征部及驻兰州以东的毛炳文部等向甘肃平凉、固原跟进；王耀武、李及兰两师由汉中出子午谷，进击西安以南。
三、空军集中洛阳，轰炸西安，协助东路正面部队作战。
何应钦在部署军事的同时，对取代蒋介石的政治格局亦作出安排。他瞒着国民党中央，与王伯群秘密商拟所谓“统一党国，革新政治”的方针，列出了新的党、政、军人事布局名单。何应钦计划：
由汪精卫领导党务工作，并任行政院长；
张群任行政院副院长，孙科任立法院长，于右仁任监察院长，宋子文任财政部长，王伯群任交通部长，白崇禧任军政部长，林森留任国府主席；何应钦任军事委员会委员长，李宗仁、冯玉祥、阎锡山任副委员长。
何应钦同时兼任委员长川、滇、黔行营主任，委刘湘、龙云为副主任，并推举刘、龙二人为中央政治委员和国府委员。（10）为实现这一计划，在事变后的第3天，何应钦派他的兄弟何辑武飞到西南找刘湘和龙云通气。
在南京，支持何应钦的还有以力行社、复兴社为核心的黄埔系。这些毕业于黄埔军校、以蒋介石为靠山的少壮军人，听到西安事变的消息后如丧考妣。复兴社书记长邓文仪，听说蒋介石被扣于西安，十分担心张、杨把蒋介石送往新疆或苏联。他觉得“事不宜迟，非要立即动员军队不可”，“不仅地面要包围西安，就是空中也要空军去监视封锁”。于是，“冒昧做主，以团体负责人名义，发了两封急电，其一是打给驻陕西汉中的王耀武师长”，告诉他西安发生事变，“领袖蒙难，希望他率部立即开往西安西南的咸阳，与第13师万耀煌师长联系，围攻西安；第二个电报是打给驻潼关与洛阳之间的28师师长董钊，说明原因，要他的部队迅速进占潼关应付变乱，准备围攻西安”。董、王都毕业于黄埔军校，董与邓是黄埔一期同学，王耀武是黄埔三期学生，那时邓任黄埔三期学生区队长。
当晚8时，邓文仪在南京明瓦廊召集力行社、复兴社全体干部紧急会议，商讨对策。戴笠、郑介民报告事变的经过及前因后果，桂永清、潘佑强提出“军事应变部署意见”。会议做出了5项决定：
（一）总方针：营救领袖，安定后方。
（二）建议政府请军政部何部长应钦统一应变军事行动，迅调（南京）附近陆军及中央军校教导总队与空军前往西安营救领袖。
（三）通告各级组织及全体同志对领袖在西安蒙难应全体动员，集中一切力量，为“营救领袖，安定后方”而奋斗牺牲；各地方秩序尤应协调军政宪警切实维护……（四）以黄埔陆军军校毕业同学名义发表通电。
（五）用各种方法团结国民党及三军，为营救领袖，安定后方而奋斗。（11）会后3天内，力行社派数十名骨干分子赴各省市和各军区“督导工作，指导行动”。
13日清晨7点多钟，孔祥熙、宋美龄偕端纳由上海回到南京。
宋美龄得知乃夫被困于西安的消息，是12日下午4时左右。闻此，宋美龄当场就昏厥过去。清醒之后，她立刻在其姐夫，也是南京国民政府行政院副院长的孔祥熙陪同下返回南京。孔祥熙在大变面前表现颇为冷静。他分析了事态，认为张学良除了向全国发出通电，亦向他个人发来“震”电，又给宋美龄发了专电，这说明事变尚有转圜的余地，并没到不可挽回的地步。
宋、孔返回南京后，何应钦带了几名主战的官员来见孔祥熙，汇报了12日夜间会议情况，说明主战的是大多数。宋美龄告诉何应钦，端纳将去西安。何盯着端纳说：“任何人都不许去西安。我们要攻打西安，委员长已经遇难了。”端纳也盯着何应钦说：“真相没弄明白之前，你不能进攻。”何厉声回答：“他死了，我们要命令进攻。”（12）宋美龄当即表示，她不赞成联席会议对张学良的处置和武力讨伐西安的决定。她认为，“中央诸要人于真相未全明了之前，遽于数小时内决定张学良之处罚，余殊觉其措置太骤，而军事方面，复以此时以立即动员军队讨伐西安……余更不能不臆断其为非健全之行动”。于是，她“立下决心，愿竭我全力，以求不流血的和平与迅速之解决”。
宋美龄向何应钦等讨伐派反复申述，在委员长脱险之前，不能推进讨伐军事。她强调说，倘如此，战争开始之后，委员长不为其亲自统帅之陆空军轰炸所误中而丧生，亦将被张、杨军队杀害。
然而，宋美龄的苦求没有使何应钦动心，这一点她是有思想准备的。在回到南京的几个小时里，宋美龄、孔祥熙已经得悉英、美两国的态度。因为日本对中国得寸进尺的侵略，已经直接触犯了英、美在华的利益。如果西安事变导致蒋介石政权垮台，南京国民政府为对日妥协派所把持，英、美在华利益将受到更大威胁。因此，英、美等国都力主和平解决事变，并支持蒋介石继续掌权。英国甚至表示，只要蒋介石还能继续统治下去，就不妨与共产党采取某种形式的合作，即便为此要抗日，也是可以支持的。英、美等国的态度，使宋美龄鼓足了坚持和平解决西安事变的勇气。
这天上午，何应钦没有闲着。他召集一干军事人员开会，准备下达对西安的总攻击令。这时，宋美龄突然闯了进来，又哭又闹，与何应钦唇枪舌战，迫使其缓下总攻令。《宋美龄全传》对这一斗争过程是这样描述的：
宋美龄哭了一阵，她想用眼泪先换取大家的同情。继而她便止住泪水。
“何总司令，”她铁板着面孔问道，“一切我都知道了！现在我是来问你，你这样做是何用意？你假使发动战争，你能善其后么？你能救出委员长的生命么？我现在老实告诉你，你这样做简直是想谋杀他！”
何应钦一听，脸色大变。
