北府军的探马没打听错，会稽确实是座空城。几乎在谢琰军队开拔的同时，孙恩为保存实力，采取了避战策略，主动撤出会稽回到了海岛。
孙恩在海岛上，日夜操练着水军，同时注意打听和收集各方面的消息，他想找准一个时机，带着强大的水军从海路向北，到长江口西进，一直打到建康。在陆地上，我打不过北府军，但是水军，是我孙恩之长。
孙亮又提出登基之事，他太想当太子了。孙恩把他骂了一顿，说我都不急，你急啥，在这海岛上称帝，就跟戏台子上演戏差不多，假以时日，我们打下建康，在金銮殿里面当皇帝，那才是真龙天子。
刘牢之没费任何力气就得到了会稽，他向朝廷大书特书，子虚乌有地编造出会稽大捷，说自己把孙恩打得抱头鼠窜，跑回了海岛。在向皇帝的奏章中，他说谢琰及其两个儿子，在侦察敌情时中了孙恩的埋伏，不幸阵亡，请朝廷隆重厚葬。
谢琰父子三人的尸体运回建康，皇帝亲自参加葬礼，并追赠谢琰为侍中郎，谥为忠肃公。
各方对峙
谢琰死了，朝廷能倚重之人，只有刘牢之。皇帝的圣旨来了，正式让刘牢之统帅北府军，征剿孙恩、卢循等窜匪。看着圣旨，刘牢之心里狂喜。这下，名正言顺，位极人位，今日之成就，是当年入伍时想都不敢想的。那时，觉得能混个军官就不错了；今天，皇帝的龙椅我都想坐。此一时，彼一时，世间万物是变化的，就像江山，现在姓司马，说不定过不多久就改姓刘了。
刘牢之在会稽安顿下来，认真经营这块地盘。当前的形势，有点像东汉末年军阀混战，要想混出头，不但要有军队，而且还要有牢固的根据地。
刘牢之将征剿天师军的圣旨丢在一边，心想真把天师军剿灭了，自己的作用也就小了。他要让天师军闹，闹得恰到好处，闹得朝廷必须给自己更多的兵力和更大的权力。但他作为一个军事将领，起码的戒备是有的，他派出人马加强对孙恩、卢循、李流的监视，以防偷袭。
与刘裕联系上了，他在离建康两百里外慢吞吞地爬行。刘牢之的将令传到，叫他带领本部人马，到太湖北部的无锡驻扎。刘裕看到这个命令，松了一口气，如果叫他带人到会稽，执行命令，就相当于上交兵权；不执行命令，就可能同刘牢之翻脸，毕竟，自己的力量还不够。到了无锡，自己有块地盘，就可以在那里招兵买马，扩充实力。
刘牢之将刘裕安排在无锡，自有他的战略考虑：第一，无锡以前是谢琰的地盘，县令也是谢家的族人，现在叫刘裕去，等于将这块地夺了过来。在东晋末年，地方武将的权力远大于没有兵权的文官。第二，有情报表明，孙恩在日夜操练水军，估计是想通过长江攻打建康。叫刘裕驻扎在太湖边，可以叫他造几艘战船，让北府兵轮流熟悉水性，操练水军战法。第三，从军事角度说，北府军分两处驻扎，相互可以倚靠。再说，无锡到会稽只有几百里地，如有必要，随时可以合兵。
刘牢之兵权在握，为什么不兵发建康，将东晋皇帝拉下马，自己坐上去？其原因在于东晋在长江上游，还有一支不能小视的力量，那就是桓玄的荆州军。桓家也是豪门士族，在长江上游经营多年，形成割据局面。建康的司马皇室，是一个弱势的政权，在这两支军队中寻求平衡，以求生存。论打仗，刘牢之没把桓玄看在眼里，但当时的中国乱纷纷，关系极为复杂，他的对手不仅是桓玄，还有北方的胡人政权，还有天师军。如刘牢之兵到建康，名不正言不顺，就会成为众矢之的，所以，他得韬光养晦，等待时机。他最想得到的，是孙恩怀里的传国玉玺，有了它，在建立政权时，道理可能好讲些。但，他拿海岛上的孙恩没办法。
孙恩也没闲着，他在研究刘牢之。当他对刘牢之有一定了解后，感觉是个难缠的对手。他决定彻底放弃会稽，按原计划取长江水道攻打建康。
孙恩不再向卢循和李流下将令，因为这两人根本不理他。他还打听到，卢循和李流为争夺磬安附近的地盘，两支天师军时有小摩擦。看来，调节各支天师军关系的是利益，他们共同信奉的天师神已不管用了。有时，孙恩会朝着大陆方向眺望，心想等我打下了建康，天下局势初定时，再来收拾卢循、李流这些人。在孙恩眼里，他们就是天师军的叛徒。
孙恩、刘牢之一个在海岛，一个在陆地对峙，卢循、李流也按兵不动，东南沿海，出现了暂时的宁静。
破釜沉舟
宁静没保持几个月，孙恩决定出兵了。现在是攻打建康的最好时机吗？显然不是。是孙恩愚蠢吗？也不是。原因只有孙恩自己知道，他的身体出了问题，前段时间，腹部时常隐痛。按孙恩的说法，他是天师神在人间的代表，是不会生病，也不会死亡的。现在他病了，只能硬扛着，装出没事的样子。后来疼痛加剧，他悄悄请医生开了几服药，吃了也不见效。
孙恩信仰天师教是装的，其本质是政治投机。他除了权力和欲望，其实什么信仰都没有，他知道没有仙界，也没有地狱，人死就如灯灭，一切都没有了。他要在死亡之前，走进建康的皇宫，享受一下皇帝的尊荣。
这次出发，孙恩没有给自己留后路，不仅带走全部人马，还将妻妾带上船，然后还放了一把火，将海岛上的房屋烧了，他对部下说，这是学项羽——破釜沉舟。
八万水军，浩浩荡荡，沿海岸北上，几日后到了长江口。
孙恩的动作如此之大，各方都得到了消息。
那天，刘牢之还没起床，张猛来报，刘牢之一听，兴奋得从床上跳了起来，说：“果不出我所料，孙恩从水路打建康去了。”
张猛问：“是否将此情况上报朝廷？”
刘牢之答：“暂不。朝廷最迟明日，也会知道此事。到时，他一定会飞马来请我回兵勤王。”
张猛又问：“现在，我们该做点什么准备？”
刘牢之答：“什么都不必做，假装不知道。”
“哦——”张猛的嘴张得有点大。正要离去之时，刘牢之叫住他，说：“你以我的名义命令刘裕，叫他把战船拆了，以备用。”
拆战船做什么，张猛不明其意，但他相信刘牢之的指挥才能。他跟了刘牢之十多年，从没见刘牢之打过败仗。
刘裕也是帅才，他建立了自己的情报系统，在孙恩出发时就打听到了消息，只是他与刘牢之一样，假装不知，也不向谁报告。
当刘牢之叫他拆战船以备用的命令传来，他会心一笑，心想这招还有点高。他能读懂刘牢之的意思。张猛与刘裕的差别，从这里就看出来了。
朝廷的情报网络效率较低，但孙恩入长江后，也已得到了消息。金銮殿上，皇帝惊慌失措，连忙叫人拟旨，叫刘牢之回京城救驾。有大臣提醒，孙恩是水军，北府军以陆军为主，建康又在江边，是否同时叫桓玄的荆州水军前来勤王。这样的建议，皇帝哪有不同意之理。
各自的盘算
刘牢之接着圣旨，使出了刘裕前段时间曾用的方法，带着北府军走走停停，他根本就不想在孙恩之前进入建康。
荆州的桓玄接到圣旨，召集心腹议事。会上，说什么的都有，好像都能讲出一番道理。去，还是不去？去了假打，还是真打？进不进建康城？这些问题都值得反复斟酌，如决策不慎，便会满盘皆输。在重大和关键的时刻，拿主意的，只能是“一把手”，“去！”桓玄下了决心。
谍报人员传来消息，说刘牢之所部，每日行十里，按此速度，要两个月才能到建康。孙恩一喜，看来这个刘牢之，根本就不想救晋朝的司马政权了，没有刘牢之挡路，打下建康犹如囊中取物。那把龙椅呀，太吸引人了，我孙恩就算坐一天就死翘翘，也不枉此生。再说，我有传国玉玺在手，打下了建康，我就是正统。这个滋味，想起来都美。
过了两天，谍报人员又传来消息，说荆州的桓玄，出动所有水军，正用最快的速度顺江而下。孙恩一忧，这是个坏消息！这桓玄是不是脑子进水了，他虽没称帝，但霸占着长江上流，很多年没向朝廷交一分的税。这时，他赶来凑什么热闹？管他是何居心，挡我路者，就是我的敌人。据孙恩估计，桓玄的水军，最多只有四万人，怕他干啥？
孙恩在旗舰上召开军事会议，作出以下部署：第一，用最快的速度行军，一定要在桓玄之前赶到建康；第二，到建康后迅速攻城，不要怕伤亡，无论付出多大代价，冲进去就是胜利；第三，做好陆战与水战两手准备，特别是水军，要多准备弓箭、抓钩、火船等武器和设施。
孙恩犯了个错误，他忽略了刘裕。
两个月前，他得到情报，说刘裕带了点人，在太湖上造了五艘小型战船，轮流操练水军。只有五艘，还是小型战舰，而且还在太湖上？他心想：这刘牢之呀，玩的是小孩子“办家家”的游戏，能跟我上百艘大船相比吗？再说，太湖与长江不通水道，可以说对我毫无威胁。从地理上看，无锡到长江不远，但刘裕没船，就算把那万把人开到江边，也只能望江兴叹。
他把刘裕看成了刘牢之的跟屁虫，在开战之前没有进一步关注刘裕的情况。
行军比赛
桓玄也没闲着，他命令军队快速推进，确保在孙恩之前到达建康，占领有利地形，争取政治上和军事上的主动。与此同时，他命令军队进行战前训练，要针对孙恩的水军，创新战法，打他个措手不及。
两支军队都以建康为目标，在一个在上游，一个在下游，开展行军比赛。荆州离建康较远，但是从上而下，走的是顺水。长江口离建康较近，但是从下而上，走的是逆水。
这场行军比赛谁会赢呢？最后居然是老天说了算。
刚开始刮西风，孙恩的船拉起帆，虽是逆水，但速度堪比骑马。想着越来越近的建康城，孙恩嘴角上泛起笑容，心想真是天助我也！桓玄的船面对西风，只得放下帆，顺水往下漂行。为赶速度，桓玄下令，船排成一条直线，走流速最快的航道，同时所有士兵轮流划桨，能想的办法他全想了。
到建康还有一天的路程，孙恩令全军做好攻击准备。突然，西风停了，东风来了，而且风势较大，孙恩的船不进反退。孙恩急了，忙令收了帆，划桨前进。但风越来越大，全力划桨也如同蜗牛。孙恩命令在划桨的同时，各船派出士兵上岸拉纤前进。攻击状态改为行军状态，将士们有的脱下铠甲，有的抱起船桨，有的充当纤夫，整个部队显得有点乱。
两支部队几乎同时到达建康，孙恩没时间攻城，桓玄也没时间进城，自古以来规模最大的水军恶战，就要在建康城外的江面上开打了。
决战
在冷兵器时代打水战，在上游的要占优势。孙恩发动进攻，要划桨前进；桓玄进攻，只要不踩“刹车”就行了。孙恩船多些，但也使不上劲，因为长江只有这么宽，不可能全部摆开，也不可能两翼穿插。
桓玄见孙恩的船排列较密，命令放出火船顺水而下，想来个“火烧赤壁”。天师军在战法推演时，料到荆州军会来这一招，早有预案。天师军放下小艇接近火船，或用铁棍掀，或跳入水中从船底戳，在火船接近己方战船前，就将其弄翻。
此时，桓玄的排阵是，六条军舰一字排开，充当前卫，几十条军舰组成主力方队跟在后面。
两支水军方队越来越近，桓玄的前卫军舰到了弓箭的射程以内。天师军放箭，顿时江面上箭矢如飞，荆州军没想到箭雨如此猛烈，再加上动身匆忙，带的盾牌不多，很多士兵无处躲藏，被射死射伤。
桓玄在指挥船上见此情况，用旗语下令前卫六舰弃船。
孙恩看见旗语，轻蔑地一笑，心想大名鼎鼎的荆州水军，也不过如此。
前卫舰上的士兵，有的放下救生船，有的从船尾跳入江中。荆州军主力方队划出小船，接应逃生的士兵。
天师军见对方如此狼狈相，一阵欢呼。
孙恩对韩山友说：“刚一开战，桓玄就送我六条船作为见面礼。哈哈哈——”
六条军舰没人驾驭，顺流而下。天师军划着小船，准备去接收这份战利品。不料，小船上的人还没接近，突然，荆州军的六条前卫船同时起火，还拉起了风帆，显然是有人在船上故意所为。
突然出现的变故，使孙恩目瞪口呆，下令也来不及了，很快六条大型火船排成一字扑到孙恩的方阵中，天师军前面的船躲闪不及，被燃了起来。天师军乱了，有的人带着火跳江，有的人争抢救生艇，有的军官喊赶快灭火，但没几个人听。
桓玄命令全军擂响战鼓，排成两路纵队，拉起风帆，全面进攻。建康的江面相对较宽，两路纵队可以选择路线，避开火船。实在避不开时，荆州军每条船上均备有十根两丈长的铁棍，可以撑开火船，避免被烧着。
面对气势、心理、地利等方面都占了优势的荆州军，天师军完全乱了阵脚，顾不得不再看孙恩的指挥旗，而是蜂拥地往后退。没有统一的指挥，有的船左调头，有的船右调头，撞在一起加剧了混乱。
此战从下午打到天黑，双方才脱离接触。一清点，天师军的战船损失一半，人员死伤无法统计。
只能退兵
孙恩眼里充满血丝，头发凌乱不堪，像一头既发怒，又吃了哑药的狮子。他看见天师军惨败，不停地抓扯着头发。他的内心是痛苦的，老天留给他的时间也许不多了，此次失败，也许就再无翻盘之机。不！不能败！我还要打，明天继续进攻。
孙恩叫来高级将领，命令明天全军一分为二，韩山友带战船向荆州水军进攻，自己率部分人马下船，从陆路攻建康。
韩山友说：“主公，明日切不可再战，更不可分兵。一是士气低落，提振需要时间；二是运粮船部分被毁，给养供应不足；三是如果分兵，力量分散，水军无胜算，陆军单独冒进，攻城的器械全在船上，连云梯都没有，哪攻得下建康城？”
众将力劝，孙亮也说：“……留得青山在，不怕没柴烧！”
