钱穆在新中国成立初给学生的信中，曾说：“将来要回大陆，即使坐牢，也要回来。”1984年与诸子女子香港会见后，又屡言要“大团圆”，所谓“大团圆”，即来大陆能见到诸婿、诸媳、诸孙及外孙的意思。
因数度轻微中风，加上年事已高，钱穆不适宜长途旅行，只能盼望着子女能赴台探望他。1987年底梁实秋去世时，梁留在大陆的长女梁文茜准备赴台送别父亲，遭到台湾当局的拒绝，激起民愤，台湾遂于1988年11月公布大陆公民赴台探亲奔丧办法。办法公布时，钱穆的长女钱易正在荷兰阿姆斯特丹进行学术访问，当月即申请赴台，成为两岸分隔四十年来第一位赴台探亲的大陆人士。见到女儿后，钱穆异常激动。当他听到女儿细数家乡景色变迁时，黯然神伤，怅然道：“此生恐怕是回不去了。”
钱易回忆在台湾陪伴父亲的情形：父亲总把我看成“小孩”。他常常问我：“你今年几岁了？”听到回答后，又总是大吃一惊：“喔？！”这样的问答，不知重复了多少遍。父亲常爱一声不出地旁听我和客人的谈话，夜晚他会告诉继母；“我的女儿很懂事的，她长大了。”父亲见我总在家陪伴他，关切地问道：“你怎么不出去玩玩哪？”可他夜间从睡梦中醒来，又常要问身边的继母：“我的女儿在哪里？”听说我在睡觉，他不满地嘀咕：“她怎么老要睡觉？”曾有几晚，我睡在他卧室里陪伴他，当我听到稍有动静，立即翻身下床上前侍候时，父亲总是抚摸着我的手臂，说：“快去睡，别着了凉。”有一次我为父亲洗澡擦背，他连声说：“好舒服啊！这是我女儿第一次为我擦背。”我不禁泪水盈眶，喉头哽咽。
孰料钱易的此次赴台却引起了一场风波，当时台湾民进党跳出来揭发钱易申请赴台时掩饰了其共产党员身份，要求台湾当局立刻处理；并且说钱易在国立大学教书，她参加的是台湾方面定义的“叛乱组织”，引发轩然大波。此后，有人更是要扬言要告钱穆“知匪不报”。虽然1988年底，台湾“高检署”对各相关控告做出不起诉决定，但钱易只能被迫提前离台。面对此景，钱穆哀伤地说：“这些人已经完全抛弃了中国文化传统，不承认父女间的亲情，更不能理解他的女儿为何会从这么远的地方来看望父亲。”
钱穆立下遗嘱：如果人不能回去，也要葬回去。钱穆去世后，为了完成丈夫魂归故里的遗愿，夫人胡美琦将丈夫的灵骨一直安放在台北永明寺，等待日后能归葬大陆。
1990年，台湾“立法委员”陈****宣称钱穆居住的素书楼实为政府所有，指责钱穆霸占公产。是年6月1日，95岁高龄的钱穆毅然搬离了素书楼。钱穆去世后，素书楼改为钱穆纪念馆，胡美琦感叹：“宁为死人办纪念馆，也不给活人住。”1998年5月22日，当时参加连任台北市长竞选的陈****到素书楼参观时，声称要向钱穆夫人说抱歉。对此，台湾舆论纷纷指责，陈****有心要说抱歉早该说了，何必等这么多年，何况大师已乘黄鹤去，再说抱歉又有何用？
魂归
1990年6月1日，重病缠身的钱穆搬离素书楼，住进台北杭州南路的一间寓所。搬家时，钱穆已不大能出门，也不太愿意多讲话进食，记忆力明显减退，仅希望子女能在他生前再去台一聚。在生命的最后三个月中，清晨醒来，他总是望着窗外问胡美琦：“树呢？大树怎么不见了？”
8月30日晨，台北大风雨。上午9时许，刚过完96岁生日的钱穆在平静中走完了他的一生。
钱穆去世后，李****以台湾领导人身份亲往致哀，并于9月26日在台北举行公祭。钱穆的子女们也准备前往台湾送别父亲。然而，当其子女申请赴台奔丧时，遭到拒绝。台湾当局甚至要求钱穆胞侄钱伟长“公开宣布脱离共产党”作为赴台的条件。无奈之下，钱氏子侄只得赶赴香港，参加了9月30日在香港新亚书院举行的公祭。
1990年11月，胡美琦专程到大陆为钱穆选择茔地，由钱伟长夫妇和钱穆幼女钱辉全程陪同。他们先到无锡马山，此处环境优美，眺望太湖，天水一色，极目千里，胡美琦对钱辉说：“这里固然好，但却富帝王之气，而你父亲只是个读书人，恐不合适。”于是一行人又到了离钱穆故乡七房桥不远的鸿山，山上有吴泰伯墓，东有梁鸿、孟光墓。胡美琦说：“鸿山虽好，却有古迹，你父亲怎能去占一席之地呢？”接着又去了苏州吴县的东山，县领导说：“这里果园极好，春天万紫千红，秋天硕果累累，生活设施齐全，有空地可供选择。”但胡美琦不愿占用公家的土地，又到了西山的四墩山选地。四墩山密密层层都种满了茶树、橘树、枇杷和杨梅。胡美琦攀到半山，停下来说：“山上再好，我也不能选，这条路太窄了，为了建墓把路拓宽，要砍多少树啊，怎能叫老百姓受这么大的损失呢！”最后，一行人来到距太湖更近的石皮山，胡美琦说，这里的风景和他们在九龙沙田的和风台5号所见相似，她和钱穆在楼廊上观海赏月的时候常常提起太湖，谈起将来有一天要在太湖边上建一小屋安度晚年。最后胡美琦决定选择石皮山作为钱穆的归葬之地。
1992年1月6日，胡美琦在钱穆学生辛意云和曾任钱穆秘书的邵世光的陪同下，护送钱穆的灵骨回家。葬礼于1月9日上午11时正式开始。墓中的随葬品是一包钱穆的著述。参加葬礼的孙辈，除了孙女钱婉约外，均没有见过祖父或外祖父，所以胡美琦特意安排辛意云给钱氏子孙讲述钱穆的为人与学术。至此，钱穆归葬于太湖西山之俞家渡石皮山。
钱穆去世后，夫人胡美琦及其学生搜集、整理他生前著作，编辑成1700万言的《钱宾四先生全集》3编，共54部，于1994-1997年由台北联经出版公司出版。
品评
今人品评钱穆，见仁见智，或贬其“迂腐得自成一家”，或赞其“真有一分为往圣继绝学的气魄”。
学术界大多尊钱穆为“一代宗师”，有学者谓钱穆为中国最后一位士大夫、国学宗师。
******评价老师钱穆说：“钱先生自《国史大纲》起才公开讨论中西文化问题。他以鲜明的民族文化的立场表明了他在学问上的’宗主‘。”
刘梦溪说，钱穆是“文化史学集大成者”，并且“国学大师之名，章太炎之后，惟钱穆当之无愧”。
晚年，钱穆与林语堂比邻而居，两人结为知交。林语堂说，看过钱穆的《中国近三百年学术史》，让他决定从此改用中文著作。
杨联陞极为推重钱穆，他说：“钱先生的中国学术思想史博大精深，并世无人能出其右”，认为钱之《朱子新学案》提纲，“胡適之恐怕是写不出来的”。
耶鲁大学授予钱穆名誉博士学位时，在颂词中称：“你是一个古老文化的代表者和监护人，你把东方的智慧带出了樊笼，来充实自由世界。”
殷海光则评价钱穆：“……他们全然是一群在朦胧的斜阳古道上漫步的人。他们的结论是轻而易举的从庙堂里或名人言论里搬出来的，他们的古典是不敢（也从未曾）和弗洛伊德、达尔文碰头的。……他们基本的心态上是退缩的，锁闭的，僵固的，排他的。我和他们是……判然有别的。”
徐复观曾批判钱穆的历史观是“良知的迷惘”。
对于钱穆，李敖说：“按说以钱穆对我的赏识，以我对他的感念，一般的读书人，很容易就会朝’变成钱穆的徒弟‘路线发展，可是，我的发展却一反其道。在我思想定型的历程里，我的境界很快就跑到前面去了。对钱穆，我终于论定他是一位反动的学者，他不再引起我的兴趣，我佩服他在古典方面的朴学成就，但对他在朴学以外的扩张解释，我大都认为水平可疑。钱穆的头脑太迂腐，迂腐得自成一家，这种现象，并无师承，因为钱穆的老师吕思勉却前进得多，老师前进，学生落伍，这真是怪事！”
钱伟长挽钱穆云：“生我者父母，幼我者贤叔，旧事数从头，感念深恩宁有尽；从公为老师，在家为尊长，今朝俱往矣，缅怀遗范不胜悲。”
******挽老师钱穆：“一生为故国招魂，当时捣麝成尘，未学斋中香不散；万里曾家山入梦，此日骑鲸渡海，素书楼外月初寒。”
