白朗军攻占禹县知事弃城逃匿。白朗军入城后，打劫豪富，收缴枪300支，捆载大车200余辆，随即放款济贫，乡民从者甚众，16日闻敌援军至，主动转至鲁山一带。自此白朗声振豫西，各地绿林附和者达2000余人。
袁世凯对南北调停表示疑虑当革命党人士气消沉，宋案法庭无能为力，国会瘫痪，谭人凤调和活动失败之时，汪精卫、蔡元培于6月2日从欧洲回到上海，并立即和赵凤昌取得联系，准备通过张謇去与袁世凯谈判，为南北调和进行最后的努力。6月5日，赵凤昌在致陈陶遗的电报中说“经武（胡瑛）来商，精卫与切要处（似指孙中山、黄兴）研究大局，已一致和平，对于前途，亦力趋稳定。惟望中央勿遽信伪谣，勿骤有更动，俾汪更易进行。”6月11日陈陶遗和刘厚生携汪精卫拟定之南北和平三条件抵南通，面见张謇。三条件大要为：（一）国民党方面顾全大局，决举袁世凯为正式大总统，孙中山和黄兴就选举总统和其他要政作出声明和宣告；（二）袁世凯诰诫各省都督不得轻信谣言，军人不得干预政治，且为四都督解释反抗中央之谣传，四省都督请总统于临时期内暂不撤换；（三）宋案将来罪至洪、应为止，传赵到案之主张自然消灭。12日张謇将此项条件函告袁世凯，谓“汪、蔡、孙、黄当面通过，确是同意”。磋商正在进行之际，汪精卫因等待回音，在沪无所事事，遂于6月10日赴粤，谋党见之一致，由蔡、胡继续与赵凤昌保持联系。而前一天，即6月9日，袁世凯已下令罢免江西都督李烈钧，形势为之一变。不过，谈判继续进行，张謇于12日将调停条件电告袁世凯。14日，袁世凯又免去胡汉民广东都督职务。16日，袁世凯复电张謇，就调停问题表示意见说：“下令禁军人预政，自当遵教续办。至谣传固无过当，然亦有确不可磨者。自共和成立以来，待遇伟人，倾诚结纳，即有以过于将顺来相诮责，在所不顾。方谓敬人者，人恒敬之耳。其依附伟大诸辈，气焰薰灼，俨同贵胄，亦不惜屏声忍气，曲予优容。而经年以来，彼党执拗，动辄骂人，肆意诬蔑，凡与鄙人稍有情感者，莫不吹求痛击，体无完肤；然且抱定不校之心，隐忍迁就，以冀其悔悟，非有所畏也。以国计民生，不堪再扰，故降心相从耳。不意国会将开，党争剧烈，适有变故，借为大题，北伐乍闻，逢人辄告，煽乱之使，日有所闻，以及军事会议、暗杀分途种种奇闻，现于沪上。调人络绎，名曰维持，而暴烈进行，仍不住手。无非甘心鄙人，破坏民国，即不为一身计，宁不为一国计，为公为私，退无余地，惟有行吾心之所安而已。傥伟人果肯真心息兵，我又何求不得；如佯谋下台。实则猛进，人非至愚，谁肯受此？”这里“伟人”即指孙中山、黄兴等。从电文中可以看出，袁世凯没有放弃政治瓦解革命党人的手段，不过他对调停显然表示疑虑。经赵凤昌与蔡元培、胡瑛两次会谈，蔡、胡表示，不因江西、广东罢免都督事而改变和平方针，孙中山和黄兴必须按原议公开发表政见，但必须等汪精卫回上海以后才能决定。但实际上，孙中山在袁罢免赣督后，正积极运动起兵。这时他因女儿病危，已由沪赴澳港，不在上海与议，而汪精卫也滞留广东不回。前述条件实际上不为革命党人所接受，调和不可能成功。然而张謇、赵凤昌等人仍不放弃，他们把蔡、胡的话转袁世凯。6月27日，袁世凯答复“果如蔡胡所云，是彼此释嫌，同图建设，如天之福，国赖以存，鄙人决不为己甚。汪何日回沪？孙、黄表示之法，甚所愿闻。公苦心调和，成人之美，中央意见已有廿二日命令可证，请检阅便知。”袁已发表军人不干政府的命令，以表和解诚意。7月初，张、赵等人，一面催汪回沪，一面请袁世凯密告黎元洪，对鄂案宁调元、熊樾山二人宽大处理，以此笼络国民党人之心，使汪精卫的调和活动更易进行。7月16日，袁世凯致电张謇，告其已派人向黎元洪打招呼，对宁、熊二人，“现托人讽宋卿缓减”，并望转告孙中山、黄兴等人。7月19日，汪精卫回到上海后，这时江西战事已开，但汪认为只是因军队相遇而起，不知这是双方已有准备的一次战争，仍主调停。7月15日，程德全、应德闳宣布江苏独立，张謇、赵凤昌、汪精卫等人进行的调和活动最后失败。
6月17日袁世凯令准汉粤川铁路督办岑春煊辞职。
6月18日保定陆军军官学校校长蒋百里自杀未遂蒋因陆军部事事与之为难，愤而在校自杀，未遂。保定陆军军官学校职员张翼鹏等向袁世凯呈称校长蒋方震在校自杀系因陆军部军学司司长魏宗瀚除斥异己，任用私人，刁难把持。21日，袁令派荫昌、陈宦前往查办。蒋百里不久提出辞职。9月3日，袁准蒋辞职，并以曲同丰继任校长。
章太炎电致总统及国务院辞去东三省筹边使一职。
袁世凯据交通部呈请，准汉粤川铁路归该部直辖，并责成交通部次长冯元鼎赴汉口接管，执行督办职权，所有该路工程事宜仍由詹天佑会同办理。
6月19日政友会成立该会原为景耀月所发起，初举景为会长，于右任、彭占元为副会长，以巩固共和国体、发展国民经济、力谋教育普及、完成国内交通、增厚边防军备、经营拓殖事业、维持国际平和为会纲。后又与孙毓筠所发起的另一小政团民宪党实行合并，仍名政友会，于1913年6月19日举行正式成立大会，选举景耀月、孙毓筠为理事。后增选袁乃宽、程克二名理事。其宗旨为“巩固共和，发展国力，实行世界的国家主义”。该会成员以国民党籍居多，其余属进步党籍，占2／5。其活动经费主要来源于袁世凯，据说所给达50万之多，这是它政治上脱离国民党转向袁世凯的根本原因。
6月21日袁世凯通令“裁兵节饷”，并裁减行政经费。
袁世凯发布命令，告诫军人“服从命令，勿得逾越范围，其非分之事，慎勿干涉，致淆政体，并愿提倡改革之先觉，爱惜名誉，告诫同侪，毋使依附之徒托名暴动，倾覆邦家。”
6月22日袁世凯发布尊孔杞孔令命令论述孔学在中国历史之作用，论述孔子三世说、大同共和之义，实为今日民主之始。命令要求，俟各省关于尊孔祀孔意见一律到齐后，“即查照民国体制，根据古义，将祀孔典礼折衷至当，详细规定，以表尊崇而垂久远”。
梁启超写信向袁世凯请款梁启超为进步党理事，在党中起着重要的领导作用。他不仅撰写文章攻击二次革命，还亲自帮助袁世凯策划镇压广东地区国民党人的反抗斗争。1913年6月，进步党香港交通部长伍庄策反国民党籍都督胡汉民、陈炯明部下黄士龙等军队，意欲驱除国民党在广东势力。6月22日，梁启超给袁世凯写信，请汇巨款给伍庄作运动经费。袁世凯在信上亲批“速兑香港黄士龙军费10万元”梁启超还亲自动员前清两广总督张鸣岐赴广东帮助龙济光、陆荣廷等策划进攻广东。在梁的帮助下，袁世凯很快将广东地区革命镇压下去。
6月23日教育部批准京师学务局呈核之《教会设学立案办法》及《解散私塾善后办法》。
6月24日袁世凯任命戴戡为贵州民政长。
袁世凯批财政总长周学熙呈请免职文，令再给假一月，安心调理，所请免官之处仍毋庸议。
6月25日众议院质问政府奥国借款众议院开秘密会，对北京政府未经国会通过，于4月10日私借奥款事提出质问，财政总长梁士诒出席作答。政府特派员、财政部公债司司长陈威当众撒谎说，奥国借款系六厘公债作抵，可以不交院议。议员们当场查阅合同原稿，谎盲立即拆穿。议员异常激愤，以政府所签合同为非法，相约提出弹劾内阁。
宋案要犯洪述祖经外交部多次与德使交涉引渡，均拒不引渡。本日，德使照会外交部，说中德没有引渡条约，只可将洪的口供送达。27日，胶澳审判厅将5月31日审讯洪所录之德文供词，经外交部译送总统府秘书厅。
黎元洪镇压湖北革命党人起事袁世凯罢免赣粤两督之后，革命党内武力讨袁的舆论逐渐占了上风。黄兴为大势所逼，开始着手规划倒袁的实际部署。他把行动的方向，首先定在湖北。湖北革命党人自辛亥革命后，备受袁、黎的压迫和摧残，他们一批一批地觉醒起来，相继走上反抗袁、黎压迫，举行武装暴动的道路。但是，由于他们觉悟有迟早，被黎元洪各个击破，革命军队也被黎遣散殆尽，而北军已经重兵入鄂，革命党人不再像辛亥年那样有力量了。然而，他们在策动黎元洪中立失败之后，还想在湖北首先发动，扫除湘、赣出师的障碍。湖北著名革命党人詹大悲、王宪章、季雨霖、王华国、熊秉坤等在黄兴的支持下，纷纷回鄂运动，前军务司长蔡济民也密谋内应。黄兴又续派宁调元、熊樾山前往联络，敦促起义。正当湖北革命党人广泛联络，准备起兵之际，先前发动上海制造局之役的柳人环、文仲达、卢汉生在李烈钧离赣后被解赴湖北，并于6月23日乘京汉火车转解北京。途中，文仲达变节招供：“机关在上海麦根路三十二号。其派来湖北运动军队，并行暗杀之人为刘敦榘，年二十三岁，湖南人，机关在汉口《民国日报》馆。”黎的探访人员中途回鄂作了紧急报告。24日，黎元洪饬令军警会同法租界巡捕房查封《民国日报》馆搜获文电布告多件，逮捕曾毅等四名报馆编辑。负责起义全局的詹大悲，看到机关被破，心急如火，命令起义部队于25日夜于南湖集合暴动。但是，由于各处机关陆续被破坏，联络指挥人员被捕，没有发动就流产了。翌日，宁调元、熊樾山因疏于防范，在汉口德租界日本人所开宝贵馆被黎的军警会同德租界巡捕逮捕。是日晚，詹大悲再次鲁莽发动，到处派人纵火，但依然一事无成。仅驻扎天门、潜江一带的原季雨霖旧部章裕昆一营于25日夜如期起义。旋因孤立无援而溃散了。事后，黎元洪大肆搜捕、屠杀。詹大悲等在武汉立脚不住，在日本人掩护下，乘日轮岳阳丸逃往下游。经这次失败，湖北革命党人被摧残殆尽。
6月26日宋教仁葬于上海送葬者达数万人，谭人凤、王宠惠、居正、胡瑛、章太炎等均参加葬礼。
6月30日袁世凯任命柏文蔚为陕甘筹边使，任命孙多森为安徽民政长兼署都督。
参众两院开宪法会议，共选出宪法起草委员60名，两院各半，联合组成宪法起草委员会，其中国民党员33人，进步党人19人，共和党7人，超然社1人。
本月台湾“关帝庙事件”台湾高山族同胞拒交枪械，以抗日人，日总督亲率台北、桃园、新竹三处警察，及一团陆军和炮兵队进行“围剿”。各社高山族齐起抗日，策动起义。此称“关帝庙事件”。
美国教育家孟禄（Paul Monroe）来华，参观江苏中小学校，劝告江苏教育司长黄炎培，应注意实业教育与学校卫生教育。
7月
7月1日清华学校第一届学生毕业本日举行毕业典礼，宣布有游美资格的学生名单。美国驻华公使、教育部代总长均出席。特班文实二班学生侯德榜、王正序等16人于本年夏赴美留学。
7月2日参议院审查河南都督张镇芳案张镇芳是前清官吏，就任河南都督时即遭到反对。他上任后，任用宠信，混淆财政，干涉言论自由。省议会对其提出弹劾，并要求其到议会作出解释。在省议会指定的出席之日，张镇芳竟开枪打伤议员10多人。参议员段世垣对张提出弹劾。参议院商讨此案后决议，指定宋渊源、朱念祖等9人为审查委员，负责审理此案。
7月3日袁世凯据署绥远将军张绍曾和热河都统熊希龄报告，守军击败蒙军内侵之事，嘉奖有功人员。
7月4日进步党与国民党协商决定弹劾政府本日国会各派议员对政府提出四大弹劾案。（一）邹鲁等120人提出弹劾全体国务员案；（二）张华澜等12人提出弹劾国务员违法案；（三）何雯等18人提出弹劾财政总长违法借奥款案；（四）李国珍等75人提出弹劾国务总理及财政总长违法借奥款案。
7月5日袁世凯任命张凤台为河南民政长，同日任命陈威代理中国银行总裁。
7月7日袁世凯据兼领湖北都督事黎元洪报告“乱党由沪携带巨资先后赴鄂武汉等处，机关四布，勾煽军队，招集无赖，约期放火、劫狱、攻城、扑署，甚至议在汉阳下游一带挖掘盘塘堤，淹灌黄广等7县，不惜拚掷千百万生命财产，以逞乱谋”，下令通缉夏述堂、王之光、季雨霖、杨王鹏、詹大悲、邹永成等人。
7月8日众议院开秘密会，通过5月20日中俄双方就外蒙问题达成之协议六条。7月11日，参议院开秘密会，又将上述协议六条否决。
7月9日交通部公布《铁路收用土地暂行章程》该章程共8章55条，规定，铁路用地分国有、公有、民有三种，民有土地给价购买，国有土地不给价或呈部核办。公有土地按国有或民有土地办理。
7月12日李烈钧令所部林虎旅向北军发起攻击，二次革命爆发当日，李烈钧令湖口要塞鸣炮，宣布独立，并发布讨袁檄文、对外通电及对党团公启，还向各属及人民通电宣布约法三章：“一、誓诛民贼袁世凯；二、巩固共和政体；三、保障中外人民生命财产。”讨袁檄文说：“民国肇造以来，凡吾国民莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为，绝灭人道，而暗杀元勋；弁髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买；禄位无限，任腹心爪牙之把持。近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇。实属有负国民之委托，我国民宜亟起自卫，与天下共击之。”
7月13日江西建立讨袁军政机构江西省议会开会，推举李烈钧为讨袁军总司令，欧阳武为都督，贺国昌为省长，俞应麓为兵站总监，并发表声讨袁世凯通电。通电说：“宋案突出，借款问题同时发生，全国骚然，政府已成怨府。李前督恶民之恶，叠电力争，爱国赤诚，云谁不服！乃袁世凯排除异己，诬罪免官，夺赣人之爱，固已显背民意矣！赣人公愤，彼时已达高潮，吊民伐罪，固亦匪艰，顾以兵凶战危，不欲轻发，勉强迁就，冀以诚格。乃竟怙恶不悛，突于7月5日弄兵浔阳，师出无名，借口镇慑，实则残虐我昆弟，虏掠我财产。我赣人犹谓其蔽明塞聪也，叠电呼号，声嘶力竭，而政府竟置若罔闻。黎元洪则虚与委蛇，实乃变本加厉，秣马厉兵，黑夜袭击赣军。我赣为紧急防卫计，为保障共和计，不得不亟筹方法。以图抵制。”
袁世凯通令发展工商业，命令说：“裕国之计，藏富于民，未有民不加富而可侈言国富者。我国一般人民企业观念迄未发达，皆由迷信旧习，货弃于地而力不出于身，未脱闭关自守之风……举凡路矿、林垦、蚕桑、畜牧以及工艺场厂一切商办公司。其现办者，务须加意保护，即已停办及有应办而未办者，亦应设法维持，善为倡导。”
袁世凯借黎元洪电称“乱党多借政党名义勾结军队，散给党证作为票布”一事，通令重申严禁军人入党，如有军人收受党证者，立即销毁，从严革究，以肃军纪而维大局。
