第二，恢复和加强海外隐蔽行动能力。在里根上台之前，“隐蔽行动”一词被视作美国情报机构的禁区。为了不让公众将中情局理解为“盖世太保”，无论是总统还是中央情报局都不赞成将隐蔽行动与政府扯上关系。然而，里根上台之后，公开把加强隐蔽行动提到了有关“美国最高利益和国家安全”的高度。
中央情报局的海外隐蔽行动主要是通过第三国推行其行动计划，比如通过沙特阿拉伯、埃及、巴基斯坦援助阿富汗抵抗力量。在这些行动中，中央情报局充当策划者以及协调人，利用有关国家的流亡组织对该国政府进行颠覆，比如对中美洲尼加拉瓜的颠覆、入侵行动等。除此之外，海外隐蔽行动还包括在有关国家进行间谍训练、秘密策反和招募间谍活动。里根在任期间，中情局在苏联、印度、波兰、莫桑比克、赞比亚、尼加拉瓜等国的间谍组织相继被破获，从另一个方面说明了中情局的海外谍报活动异常活跃。
为了加强在国外的谍报活动，中央情报局积极扩充特工队伍和扩大情报来源。中央情报局破例通过广播电台、电视、报刊等公开进行宣传，并派情报官员到大学进行演讲，并以高薪吸引大学毕业生积极参加中央情报局的工作。在征求里根的意见之后，凯西还恢复了中央情报局在国外谍报工作中秘密使用记者、神职人员以及学者等传统的谍报手段。
第三，加强保密措施，让中情局的活动由地上转入地下。这似乎与中情局公开招募间谍存在冲突，事实上，这是为了应对20世纪70年代由国会、舆论以及原来的老特工掀起的“揭底运动”为中情局情报工作带来的不利局面。
凯西从两个方面加强了保密措施。第一个方面，是从制度上堵塞内部泄密的渠道。凯西下令撤销了中央情报局的公共事务处，从组织上切断同公众联系的官方渠道。随后，凯西又下令不再出版非保密性的研究材料，以进一步减少公众对中央情报局的注意。还提议国会颁布命令提高中央情报局所有文件的密级以及延长解密期。第二个方面，凯西发起抵抗“揭底运动”的一系列行动，对科尔比等已经退休但涉嫌泄露中情局秘密的老特工进行起诉。为了让凯西的这一做法获得政策支持，里根总统向参众两院提议颁布惩治泄露国外秘密特工身份的法案并获得通过。
第四，扩大中央情报局在国内开展秘密活动的职权，以增强反谍报的能力。
凯西的这项整改措施使他背上了“盖世太保代理人”的坏名声。许多政府机构都提议缩减中情局的权力，理由是中情局的职权已经“让政府部门的每一个成员看起来都像苏联间谍”了。当然，这样的抱怨不会阻止凯西继续实施这项措施。当时，苏联对美国的谍报活动日益严重，而卡特政府时期颁布的对中情局开展国内活动的种种限制，使中情局的反谍报活动难以进行。1981年12月4日，里根签署了“12333号行政命令”，正式取消卡特政府对中央情报局开展国内谍报与反谍报工作的种种限制，这是中情局有史以来第一次被公开授权在国内进行秘密侦查活动。
一系列整改措施实行之后，中情局的工作有了明显起色，这打消了许多人对这个离开情报界35年之久的老头子的疑问，也让顶着巨大压力为凯西争来内阁成员身份、为中情局争来经费的里根松了一口气。凯西自己也觉得工作十分顺心，没想到一切都是那么顺利。
美伊关系的使者
凯西明白，整改只是手段，让情报工作取得成功才是目的，否则所有整改措施都是纸上谈兵。很快，让凯西获得成功的机会来了，这就是为两伊战争中的伊拉克总统萨达姆提供保护。长期以来，伊拉克与伊朗两国在夏特阿拉伯河的主权问题上一直存在争议，并时常引发冲突，后来双方为此进行了长达八年之久的战争。两伊战争分为两个阶段：在第一个阶段，伊拉克对伊朗展开猛烈的进攻，而伊朗则以防御为主。这个阶段时间不长，从1980年9月开始，持续到1982年。第二阶段，伊朗变成了进攻方，伊拉克则变成了防御方。确切地说，伊拉克此时已经处于劣势，在向伊朗提出休战被拒绝之后，伊拉克只能硬着头皮继续与伊朗战斗。伊朗不接受伊拉克的休战请求的原因很简单，那就是他们试图彻底摧毁萨达姆政权。
当时，萨达姆政权岌岌可危，就在这生死存亡之际，美国再一次伸出了援助之手。之所以说是“再一次”，是因为在战争初期美国就出于自己的目的帮助伊拉克，向伊拉克出售军火。美国此举的原因大体上可以归为两个方面：第一，当时的中东局势十分复杂，美国不愿意失去这个拉拢人心的机会，更何况两伊战争爆发时，苏联给伊拉克提供了军事与外交支持，因而美国政府认为有必要对伊拉克做出友好举动。第二，夏特阿拉伯河是伊拉克与伊朗两国重要的石油出口通道，无论给哪一方提供帮助，美国政府认为都可以从中得利。当然，从后来的“伊朗门”事件以及萨达姆与美国的关系来看，美国似乎打错了算盘。然而，当时的美国政府的确一次次地向伊拉克伸出了援助之手，当伊朗处于上风并想彻底摧毁萨达姆政权的时候，美国充当了萨达姆的保护伞。里根将这个任务交给了中央情报局，为了让整个过程处于自己的掌控之中，凯西决定亲出马。
1982年2月的某一天，凯西等人乘私人专机降落到了约旦的安曼国际机场，随后秘密会见了萨达姆的同母异父兄弟巴尔赞·易卜拉欣·哈桑·提克里蒂，此人当时是伊拉克情报总局局长。在这次会谈中，凯西向他表达了美国政府对两伊战争的关注，表示想与伊拉克方面建立情报联络关系，以帮助伊拉克抵挡住伊朗的进攻。当时，美国政府的确认为伊拉克很可能会战败，美国情报界早就做出了伊朗可能获胜的分析，而且预见到萨达姆不会轻易相信自己已面临险境。果然如此，萨达姆对美国人充满敌意，不愿意与美国人进行任何形式的接触，并多次向中间人表明了自己的态度。
事实上，凯西此行相当危险。因为美伊没有建立外交关系，尤其是1967年阿以冲突之后，伊拉克方面并不信任美国，苏联则成为它的盟友。这无疑让美伊之间的接触难上加难。这可难坏了凯西。
在与提克里蒂两个多小时的会谈中，凯西重点分析了当时的形势，并明确提出，苏联方面虽然派了军事专家为伊拉克进行作战指导，但是在技术方面却不如美国，而伊拉克想要扭转战争局面就必须依靠先进的技术。提克里蒂在会谈结束之后立即飞往巴格达，向萨达姆进行了详细汇报。萨达姆对当时的形势也有了较为清醒的判断，认为凯西说得不无道理，便同意与美国合作。由此，美伊之间有了协定：美国将与伊拉克分享有关伊朗的情报，中央情报局还将派遣一个专家组来巴格达帮助作战。凯西的中东之行圆满成功。随后，中央情报局再次派高级官员前往中东，与第一次凯西飞往约旦不同，这次他们直接飞往巴格达，并首次会见了萨达姆。在没有看到这些情报官员带来的新的军事部署图之前，萨达姆还是不太相信美国人，而当他看到了对作战有着重要指导意义的部署图之后，萨达姆才改变了对美国人的态度。在美伊情报共享和不断扩大两国情报机构的联系之后，萨达姆渡过了难关，抵抗住了伊朗的进攻。随后，美伊两国互派了大使，美国驻巴格达大使馆重新开张。这次中情局总算没有丢脸，为保护美国在中东的利益立下了汗马功劳，中央情报局众人的脸上也有了光彩。
与里根合谋“反尼”
1979年，卡特政府对尼加拉瓜政府实施了经济援助。里根上台之后，认为尼加拉瓜政府“倒向共产主义”，于是，他下令将卡特政府时期给尼加拉瓜援助的资金冻结，被冻结的资金高达1500万美元。为了打击尼加拉瓜政府，里根授意凯西对尼加拉瓜反政府武装组织民主阵线进行扶持，并在尼加拉瓜周围的国家洪都拉斯、萨尔瓦多、哥斯达黎加等设立尼加拉瓜反政府武装基地。于是，中情局成了反尼加拉瓜行动的主力军，凯西变成了“反尼”总指挥。
1983年7月，凯西在里根的授意下，扩大了反尼加拉瓜政府行动的规模，支持尼加拉瓜反政府武装扩军。凯西还将中央情报局使用的飞机提供给尼加拉瓜反政府军，里根则在不通报国会的情况下暗自下达对尼加拉瓜的封锁令，封锁的具体办法是在尼加拉瓜港口布雷，让尼加拉瓜失去外界援助。这一招是凯西的心腹、时任中情局驻罗马站站长克拉里奇提出的。克拉里奇的灵感来自“二战”时期日军的防守作战，当时日本人通过在一些港口布雷取得了巨大成功。克拉里奇认为，只是宣布对尼加拉瓜实行经济封锁并不奏效，因为尼加拉瓜能够通过任何一种公关手段冲破封锁，或者其盟友国家出于某种原因也会主动给予其援助。那么，怎样才能完全封锁住尼加拉瓜呢？那就是布雷，水雷对船只的威胁相当大。
随后，中央情报局买来了一艘普通的运输船，将其改装成母舰，用来装载水雷。母舰上面设备齐全，有备用通讯设备、航海工具，还有一架用于袭击海上船只的武装直升机。
港口布雷对尼加拉瓜的进出口贸易以及石油供给造成了很大的影响。
1984年年1月3日，尼加拉瓜一艘货船在科林托港外触雷，不得不被拖回港内。3月20日，苏联油轮“卢甘斯克”号又在科林托港外触雷，多名船员受重伤。在此期间，先后有十二艘船触雷受损。
里根政府采用水雷封锁他国是公然违反国际法的行为，布雷不仅妨碍了公海航行自由，而且根据有关国际公约，布雷是战争行为。因此，尼加拉瓜政府向国际法院控告美国政府。
美国国会得知此事是在多艘船只触雷之后了。此事经媒体报道后，立即引起了国际舆论的强烈谴责。苏联提出严重抗议，而美国的盟国英国、法国也提出抗议，法国还表示会考虑派出扫雷舰帮助尼加拉瓜扫雷。
凯西就任中央情报局局长时，曾向国会保证将就隐蔽行动向情报委员会坦陈实情，但是后来逐步停止了卡特政府时期例行的向国会作汇报的做法。当《华尔街日报》登出布雷内情后，立即引起国会大哗，国际舆论也对此予以强烈谴责。
为了防止事态发展，美国国会于1984年10月通过了“博伦修正案”。该法案规定：用于中央情报局、国防部或“从事情报活动的美国任何其他机构”的经费，都不能“直接或间接”地花在支持“尼加拉瓜的军事或准军事行动”上。如此一来，断绝了中情局等资助尼加拉瓜反政府军的资金来源。但里根总统不肯善罢甘休，而凯西更不想“失信于尼加拉瓜反政府军”，于是，两人一拍即合，继续对尼加拉瓜反政府军进行支持，不过所有支持行动都要绕开国会。里根与凯西可以无视国会，但是没有国会拨款，援助尼加拉瓜反政府军的经费怎么办呢？这难不倒凯西，他与国家安全委员会政治军事处副处长诺思中校成立了一个“全国保卫自由基金会”，以募捐的形式为尼加拉瓜反政府军筹集资金。凯西还授意退役少将、秘密战专家西科德成立“南方航空公司”，这个“公司”的任务是给尼加拉瓜境内的反政府军空投物资。整个秘密行动都由凯西控制。
1984年8月8日，白宫召开了一次特殊的安全委员会会议。之所以说特殊，是因为这次会议确定，用与伊朗武器交易所得资助尼加拉瓜反政府军，后来此事成为白宫丑闻——“伊朗门”事件的重要组成部分。
中情局无疑是这个武器交易中的主要角色。美国国防部以大大低于市场的价格购买了1200万美元的武器，在凯西的操纵下，这批武器经以色列运抵伊朗，卖了3000万美元的好价钱。其中1200万美元归还五角大楼，其余的1800万美元则由凯西控制。
随着西科德“公司”的一架飞机被尼加拉瓜政府军击落，整个事态混乱起来。为了防止秘密计划被泄露，凯西立即发出通知：计划取消，火速将参与人员全部打发走，彻底消灭行动痕迹……
即便如此，凯西也没能阻止事情的败露，美国向伊朗出售武器以换取人质获释的内幕被曝光，中情局不顾美国国会禁令支持尼加拉瓜反政府军的事情也被曝光，而凯西用美国对伊军售所得资助尼加拉瓜反政府军一事也被曝光。
