伍尔西关注的第二个重点，就是预防武器扩散问题。这个问题涉及两个方面，一是大规模杀伤性武器的研制生产，二是导弹技术的扩散。不少国家利用“掩护”公司和机构来避开出口限制，使这一问题日趋复杂化。伍尔西认为，朝鲜、伊拉克、伊朗、印度、沙特阿拉伯、以色列、日本、阿根廷等国都在研制和部署远程发射系统。中情局应该综合利用人力情报和技术情报搜集手段获取更为全面和准确的情报信息，为美国政府处理这一问题提供更多的决策依据。
伍尔西关注的第三个重点，是科学技术的发展。在伍尔西看来，技术情报必须自始至终作为中情局关注的最前沿问题。如新一代半导体技术的发展将直接推动新一代“灵巧”武器的诞生；计算机的广泛应用令其重要性节节攀升，计算机的金融网络系统可以在眨眼间转移数10亿美元，这大大缩短了非法买卖武器或毒品的“掩护”公司打理财务的时间。
伍尔西关注的第四个重点，是反恐。他认为反恐将长期作为中情局工作的重点。他特别关注宗教信仰与民族主义之间的互动问题。还有环境问题、卫生问题等也是中情局不可忽视的。
伍尔西关注的最后一个重点，是袭击威胁。综观海湾战争和波斯尼亚局势，无不表明地区冲突继续构成当前情报的主要需求。
虽然伍尔西讲得头头是道，但是由于他本人能力所限和领导不力，再加上他的削减计划产生的影响，中情局非但没有按照他的规划前进，而且固有的弊端也一下子充分暴露出来：机构臃肿、效率低下、士气不振，将他弄得焦头烂额。
克林顿政府外交政策的第一次危机出现在索马里。当时，中央情报局犯了两个致命的错误，其一是低估了美国维和部队在那里遭受攻击的危险性，其二就是对索马里部落首领穆哈姆德·艾迪德的行踪毫不知情。伍尔西是当时受到国会批评最多的一个内阁成员，他经常被国会要求出席听证会。数据显示，仅在1993年一年中，他出席国会各类会议就达205次，平均一天半就被传唤一次，而国会全年的会期也不过195天。人们对他的领导能力颇有微词，他“不够称职”的说法也不止一次出现在媒体上，这一切似乎预示着他将不久于中情局长一职了。
遭遇埃姆斯间谍案
正当伍尔西的情报改革困难重重的时候，中情局又发生了一件令伍尔西十分尴尬和恼火的事情——埃姆斯双重间谍案。这一事件直接导致了伍尔西的辞职，成为压垮他的最后一根稻草。
埃姆斯出生于1941年，1962年进入中情局工作，时年21岁。他曾在苏联、意大利、墨西哥等地执行过多次特殊任务。1983年3月，为中情局效力了20年的埃姆斯被委任为中央情报局反间谍中心苏联、东欧分部的负责人，他的任务就是暗中物色能够为美国充当间谍的苏联人。当时，埃姆斯的年薪为7万美元。
埃姆斯要在各式各样的苏联人中，寻找可能被中央情报局招募的“猎物”。这些潜在的目标必须具备以下几个条件：酗酒，婚姻失败，事业无成，寻花问柳……然而，埃姆斯自己就有酗酒的习惯，而且有一段时间，他嫌工资低，再加上没有得到提升，因此工作并不顺心。为此，他的妻子也一直跟他闹。一次，当时已调到墨西哥工作的埃姆斯，在墨西哥城的社交场合邂逅了一名叫玛丽娅·罗萨里奥·卡萨斯的女人。这个风姿绰约的女人，吸引了正在闹离婚的埃姆斯。但是，玛丽娅的背景远非埃姆斯所知道的那样简单。据说，玛丽娅早在1981年就被克格勃招募，负责搜集中美洲方面的情报；1983年4月至12月间，她又成为中央情报局驻墨西哥情报站的线人。
埃姆斯很快被调回美国，担任中央情报局反间谍中心苏联、东欧分部的负责人。这个部门的负责人在中央情报局是一个中层职位，但不容小视。美国长期以苏联、东欧为对手，对付苏联、东欧国家情报机构的渗透是中央情报局的一项最重要的工作。因此，这个职位也可以说是举足轻重的。于是，埃姆斯成了克格勃的“猎物”，因为他具备一个变节者的所有条件。经过一段时间的软硬兼施，克格勃得手了。
从被克格勃招募到事情败露，埃姆斯先后为克格勃以及后来俄罗斯的情报机构，提供了中情局在海外的55项行动计划，以及在苏联及俄罗斯的34名中情局情报人员名单，还有大量其他绝密情报。
埃姆斯为克格勃工作一直没有被中情局察觉，直到1991年进行例行的测谎器检查的时候，他的异常才被发现。当时，测谎技术人员对他测谎时，仪器的波纹出现异常，有说谎的迹象。测谎技术人员立即将这一情况报告给了中情局的领导。随后，在对埃姆斯的行程调查中，又发现他曾私自去拉美国家旅游，于是中情局领导将埃姆斯调离反间谍中心，派他负责黑海地区的缉毒工作。在此之后，埃姆斯依然频繁光顾反间谍中心办公室，由于曾担任多年的反间谍中心的部门负责人，工作人员并没有对他产生怀疑。因此，埃姆斯在被调到缉毒处工作后，依然可以在反间谍中心获取资料并交给俄罗斯情报机构。
事情一直发展到1992年。这一年，中情局在俄罗斯的情报活动总是受挫，之前在苏联建立的情报网也遭到严重破坏，而且中情局发现从俄罗斯获得的情报大多是错误的，即便不是错误情报也只是些无关紧要的东西。于是，中情局开始对内部人员产生怀疑，并进行暗中监视调查，埃姆斯成为被调查对象之一。
在运用了先进的侦查手段之后，中情局初步获得了埃姆斯与俄罗斯情报机构往来的证据。于是，在埃姆斯外出的时候，联邦调查局的人员对其住所进行了秘密搜查，发现了大量绝密文件，这些文件涉及中情局在东欧国家的情报活动以及美国的军事机密。
联邦调查局经过一年的调查，终于掌握了埃姆斯充当俄罗斯间谍的确切证据。
1994年2月21日，联邦调查局将埃姆斯逮捕，两个月后，埃姆斯被以间谍罪判处终身监禁。
埃姆斯双重间谍案与中情局以往出现的丑闻一样，使中情局受到美国国会以及舆论界的强烈抨击。美国公众难以容忍这个花费纳税人钱财的情报机构出现这样的事情，而整个美国情报界也因为这一事件而失去安全感。埃姆斯间谍案使中情局又一次元气大伤，对伍尔西来说更是雪上加霜。
1994年12月24日，伍尔西向克林顿总统提交了辞呈。
离任后的作为
伍尔西虽然离开了中央情报局，但并没有彻底远离政治核心圈，仍与政府保持“亲密接触”，继续被国家情报和安全部门以及国防政策委员会聘用。
1997年，伍尔西与美国政界25位知名人士包括布什政府的多名要人，如副总统切尼、国防部长拉姆斯菲尔德、国防部第一副部长保罗·沃尔福威茨、国防部副部长道格·费思等，联合起草了《美国新世纪计划》，这是美国新保守主义复苏、兴起的标志。
美国新保守主义理论是以美国绝对的军事优势和美国例外论为基础的。他们认为，美利坚合众国是不可战胜的，这是一个属于美国的世纪，美国统治全球的时代已经到来，美国可以随心所欲地改造整个世界、统治整个世界。美国的使命就是推进人类的自由，而实现这些目的的途径就是大胆地单方面使用美国无与伦比的军事力量，从国际机制的制约中解脱出来，颠覆敌对政权，实现“强加式民主”。在他们看来，新保守主义的世界观可以用三句话来概括：在全世界推行美国式的自由和民主，推动人权运动和建立自由市场，使整个世界民主化；进一步强化美国的军事优势，遏制与摧毁一切可能给美国国家安全带来威胁的组织和国家，必要情况下可使用武力来捍卫美国的理想与利益；确保美国在全球范围内的绝对优势地位和领导作用。
在中情局长任期内，颇有经济头脑的伍尔西在极力主张中情局帮助政府掌控世界各国经济与技术的发展走势，在国际经济活动中搜集外国公司的商业机密为美国公司服务的同时，也不忘为自己大捞一把。下台后，他更是将自己的这一“特长”发挥到了极致。“9·11”事件就是很好的佐证。事件发生后，伍尔西凭借其敏锐的政治嗅觉嗅到了反恐可能给他带来的商机，于是，在短短几个月内就迅速筹建了自己的“利润中心”——帕拉丁资本集团，把他闲置的资金全部投资于美国国土安全。同时，他还推波助澜，利用自己的顾问身份，不时向民众散布各种危险信息，比如“基地”组织和萨达姆政权可能发动更多恐怖袭击等。在他这些危言耸听的言论影响下，人们对于恐怖袭击更感恐怖，他公司的订单就如滚滚江水，源源不断地流来，迅速撑胀起他的钱包。难怪美国评论界人士说，伍尔西堪称是将个人经济利益与美国国家利益“完美结合”在一起的典范。
